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处理了此案之后，朱载坖要求锦衣亲军处理邓元锡一案，陆绎将此案的卷宗呈上，朱载坖认为邓元锡心怀怨望，污蔑成祖，朕为人子孙，岂可坐视？下旨将邓元锡大辟弃市，直系子孙绞立决，所有著述一律毁禁，敢有私藏者，以谋逆论处，三族流放缅甸。
朱载坖的这个处罚不可谓不重了，朱载坖就是要用这种手段告诉群臣，他维护成祖、世宗以来的法统的决心，任何敢于试图挑战这个法统的，都将受到皇权的严厉打击，这是朱载坖的底线。
朱载坖命令陈以勤以文华殿大学士总裁其事，先拿出一个方案来，其实大家很清楚，朱载坖就是要陈以勤将有关建文帝和睿宗皇帝两位帝王的事情解决掉，这是关系到法统和帝王世系的问题，礼部左侍郎王世贞也上疏讨论此事，王世贞认为：“以内阁诸耆硕臣，考究革除年间事迹，别为一书，附之国史之末，至于其年号等，已有明旨，不必在意。”
王世贞显然是支持了朱载坖的主张，朱载坖在王世贞的奏疏上御批道：“天下自有公论，后世亦不可欺，必以取信后世也！”