朱载坖看了他们的奏疏之后，不仅冷笑了起来，合着大明除了他们是忠臣之外，其余的人都是奸佞，对于这种无端扣帽子的行为，朱载坖一向是十分警惕并且予以严惩了，看了这些奏疏之后，朱载坖当即命令将这三人下诏狱严审，要让他们交代幕后主使出来。
除此之外，对于上疏言辞激烈的官员，朱载坖分别予以降调极边杂职、编管、罚俸等不同程度的处罚，因此事受到惩处的官员超过五十人，在整个隆庆朝，朱载坖也没有如此大规模的处分官员，首辅张四维、次辅申时行等阁臣当即上疏申救，但是被朱载坖所驳回，同时其余上疏申救的官员也被朱载坖所处分。
而且朱载坖还拒绝接见重臣，深居西苑，即便是内阁辅臣请求召见也被朱载坖所拒绝了，无奈之下，左都御史杨继盛到西苑请求召见，他是朱载坖在潜邸时的旧臣，和朱载坖关系非同寻常，所以即便是朱载坖不见其他重臣，但是杨继盛请求召见，朱载坖还是在西苑无逸殿召见了他。
杨继盛行礼之后，朱载坖说道：“杨卿，这里是先帝当年议政之所！”