二十亩的赋税和各种差役折色，作为优待士卒的条件，经过改革之后，卫所的作用发生了重大的变化，由原来朝廷的的征战主力变成了城防和预备的工作，当镇协官军缺员的时候，可以优先从卫所中招募军士，家有三丁的，必须出一丁服役，这就是现在军户和百姓的主要区别。
军户可以无偿从朝廷手中获取耕地，朝廷还会发放农具等物资，但是就要承担服役的义务，同时对于卫所的设置也要予以调整，有些卫所要迁移，卫所要主要配置在交通要道、沿边沿海、重要城市等地方，同时保障军户必须能够分到土地，是卫所制度得以存续下去的重要原因。
之所以朱载坖不遗余力的开疆拓土，就是缓和日益尖锐的人地矛盾，将这些卫所从内地迁移到边疆去，一来以兵屯垦，加强朝廷对于新收复的土地的控制能力，二来就是保障卫所有足够的土地以安置军户，从而保证官军的兵源。
这样一来，卫所和镇协各司其职，互为表里，既保证朝廷官军有较强的战斗力，又保证朝廷对于军队的绝对控制。