对于朱载坖的想法，重臣们是很明白的，五军都督府现在本来就是空架子，即便是朱载坖想要恢复五军都督府的各项职权，也是不太现实的。
而且现在朝廷所倚仗野战的军队，已经不是卫所官军，而是朝廷的镇协官军了，虽然大部分的镇协官军军士都是从卫所中抽调来的，但是卫所现在主要承担的也就是二线任务了，而作为主要管理卫所的五军都督府，其职权也肯定会相应的降低。
对于五军都督府的职权，朱载坖在和重臣们商量之后认为，五军都督府主要负责卫所军士的勾选，保障卫所人数齐全，班操京军的调动和训练，还有各都司的常备军士的选取，卫所士卒和军余子弟在农闲时候的军事训练，以及卫所世袭军官的承袭考选等事情上，总的来说，就是将五军都督的职权范围加以部分恢复，但是即便是恢复之后的五军都督府职权，也仅限于对于卫所的管理，野战官军的管理权仍旧在练兵军务处手中。
实际就是朱载坖通过练兵军务处将官军的指挥权牢牢的控制在自己手中，然后用兵部和五军都督府制衡练兵军务处，兵部执掌军政，同时对官军有清军大权，还有保障后勤和供应军器弹药的权力，官军装备的火器数量庞大，而兵部控制了军器和后勤，没有足够用军器和弹药，就足够控制官军了。
而且朱载坖本人手中也直接掌握着亲军诸卫和御马监禁兵这两支强大的武装，保证皇帝对于军权的绝对控制。
既然兵部和五军都督府都做了相应的改革，练兵军务处肯定是也要做相应的改革了，之前朱载坖就决定将兵部职方司予以撤销，在练兵军务处下设参谋、军务二司，同时练兵军务处作为大明的军令机关，肯定是要加以改革的。
朱载坖决定，将原水师衙门也一道划归练兵军务处下管理，同时完善练兵和军务两处，练兵处下设武学、辎重、军备、编制、动员各司，分别负责官军的军事教育、后勤给养、装备保障、编制军籍等事项。
而在军务处下设参谋、侦察、机要、军令和辎工马步炮与水师等督练司，负责统筹战事，下达军令，组织军事训练，检查战备等事项。
练兵军务处所管理的，主要是大明的镇协野战官军和水师，也是大明的常备军，是大明征战的主力部队，对于这些部队的调动、指挥和日常训练的组织，都要由练兵军务处负责，这些官军的调动，必须要皇帝本人的命令才行，决不允许越俎代庖，实际上练兵军务处承担的就是总参谋部的职能。
除了这些之外，朱载坖接下来的一个大动作，就是对于大明律的修订，大明律是洪武三十年最终定稿的，到现在已经一百多年了，当初重八哥制定大明律的目的是治乱世用重典，严刑峻法，以除贪贿。所以大明律惩治贪污上立法是极为严苛的。
而参照唐律和宋刑统所制定的大明律，体例精当，条文明晰，确实是一部很完善的法典，和唐律以及宋刑统相比，大明律在形式和内容上都有发展。在形式上，结构更为合理，文字更为简明；在内容上，经济、军事、行政、诉讼方面的立法更为充实；在定罪判刑上﹐体现了世轻世重，轻其轻罪，重其重罪的原则，事关典礼及风俗教化等事，定罪较轻；贼盗及有关帑项钱粮等事，定罪较重。
可以说大明在制定的时候，在这个世界上都没有比之更加完备精当的法典了，除了不怎么管用之外，大明律是没有什么大的缺点的。
当然，大明律的不管用，从重八哥时代就是如此是，太祖皇帝以刚猛治国，动辄法外施刑，带头不遵守大明律，太祖时期所编撰的大诰就是如此，以案例的形式打破了大明律的规定。
所以朝廷虽然编撰了完备的大明律，但是在很多时候，地方官府并不执行大明律，同时随着时间的推移，大明律内容固定难以适应社会发展而制定，故而通过单行条例形式针对司法实践进行动态调整，这就是问刑条例，实际上就是对大明律的修订。
因为太祖是有祖训的，太祖严禁嗣君“变乱成法”，洪武三十年重颁《大明律》后，就未再修订。有变通之处，则发布诏令或制定条例，辅律而行。经过这么多年的各种诏令、则例、条例的解释，已经彻底将大明律束之高阁起来了，朝廷无论是在处理政务还是审理案件中，往往都是参照各种发布的诏令、则例、条例。
而这些不同时期所发布的诏令、则例、条例等，往往有互相矛盾的地方，使得官员们无所适从，更重要的是，一些人就可以借此机会钻空子，大明律对他有